Urodził się 19 kwietnia 1799 r. we wsi Gierwaty k. Makowa Mazowieckiego (obecnie Szczepkowo Gierwaty gm. Janowo), w ubogiej rodzinie szlacheckiej. Był najmłodszym dzieckiem wśród licznego rodzeństwa. W bardzo młodym wieku stracił oboje rodziców. Ojciec jego Mateusz zmarł w wieku 45 lat, a matka Marianna z Leśniowskich odeszła, gdy Wojciech Bogumił miał 9 lat. Po stracie rodziców opiekował się nim jego najstarszy brat Stanisław.
    
Szkołę elementarną skończył w Janowie mieszkając w bardzo ciężkich warunkach w piwnicznym warsztacie. Mimo biedy i złego stanu zdrowia ukończył szkołę wojewódzką w Płocku, a od 1816 r. uczęszczał do liceum w Warszawie. W grudniu 1820 r. rozpoczął studia na Uniwersytecie Warszawskim, najpierw na Wydziale Budownictwa i Miernictwa jako aplikant na elewa budownictwa wodnego, a od września 1822 roku na Wydziale Filozoficznym (Oddział Historii Naturalnej). Podczas tych studiów współuczestniczył w pracach wielu słynnych biologów, astronomów i zoologów. Stopień magistra uzyskał 1 lipca 1825 r. Od tegoż roku był zatrudniony w uniwersyteckim Gabinecie fizycznym na posadzie preparatora, gdzie przez cztery lata pracował pod kierunkiem prof. A. Skrodzkiego.
    
Z tego okresu pochodzą jego pierwsze prace: przyrząd do wykreślania kompasów na każdym miejscu, nazwany przez Komisję Rządową Kompasem Jastrzębowskiego, przyrząd do ważenia wody atmosferycznej dla celów meteorologii oraz opracowanie obserwacji meteorologicznych z lat 1779–1828, dokonanych w Warszawie przez astronoma królewskiego ks. Karola Bystrzyckiego i członka Towarzystwa Przyjaciół Nauk Antoniego Magiera w postaci mapy obrazującej zmienność poszczególnych elementów klimatu. Cały tekst tej rozprawy pt. Wypadki dostrzeżeń meteorologicznych ukazał się drukiem dopiero w 1841 r. Wcześniej bo już w 1829 r., ukazała się jego rozprawa O odmianach powietrza i fizycznych porach roku w naszym klimacie. Prace te zyskały uznanie Warszawskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk i stały się, obok jego osiągnięć na polu botaniki, podstawą do przyjęcia go w 1829 r. do grona członków przybranych.
    
Począwszy od r. 1823 rozpoczął współpracę z prof. Michałem Szubertem pomagając przy zakładaniu warszawskiego Ogrodu Botanicznego. W trakcie licznych wycieczek i podróży po kraju zbierał rośliny do ogrodu, a plonem jego poszukiwań w okolicach Warszawy, na Podlasiu, Lubelszczyźnie oraz w okolicach Sandomierza i Krakowa był pokaźny zbiór roślin krajowych (1151 gatunków) w postaci zielnika opracowanego pod kierunkiem prof. M. Szuberta. Jastrzębowski opisał też 363 gatunki roślin nieznanych dotąd we florze Polski. Podczas swych wycieczek zbierał nie tylko rośliny; z jednej ze swych podróży dostarczył do Gabinetu Zoologicznego Uniwersytetu 886 sztuk …zwierząt, owadów i robaków. Osiągnięcia te i gorliwość w badaniu flory polskiej zwróciły na niego uwagę władz uniwersyteckich. Rada Wydziału Filozoficznego wyraziła mu w 1826 r. uznanie, a chcąc nadal wykorzystywać zdolności młodego uczonego w 1828 r. utworzyła dla niego stanowisko adiunkta nauk przyrodniczych.
    
Jego karierę uniwersytecką przerwał wybuch powstania listopadowego, w którym wziął udział jako szeregowiec artylerii gwardii narodowej. Walczył m.in. w bitwie pod Olszynką Grochowską. Wypełniając obowiązki obywatela – żołnierza, pisze jednocześnie w chwilach …próżnowania, na jakiem w obecnem powołaniu naszem do strzeżenia bezpieczeństwa publicznego bynajmniej nam nie zbywa… traktat pacyfistyczny, którego część ukazała się 3 maja 1831 r. pt. Wolne myśli żołnierza polskiego, czyli myśli o wiecznym pokoju między narodami cywilizowanemi, uznawany za pierwowzór konstytucji zjednoczonej Europy.
    
Złożony z 77 artykułów projekt Konstytucji dla Europy przewidywał m.in. powołanie organizacji wspólnoty narodów i komisji rozjemczych dla łagodzenia i rozstrzygania wszelkich zatargów między narodami. Projekt konstytucji przewidywał ponadto zniesienie granic jako głównej przyczyny wojen i poddanie się narodów prawu stanowionemu przez kongres …złożony z pełnomocników wszystkich narodów. Projekt konstytucji regulował sprawy tożsamości narodowej i autonomii, proponował oryginalne sposoby upowszechnienia własności prywatnej i rozdysponowania dochodów podatkowych oraz poruszał kwestie rozbrojenia, wychowania, nauki, sztuki i podniesienia kultury. W związku z poglądami zawartymi w tym dziele po upadku powstania jego autor znany jako …sekretarz zgrai najszaleńczych buntowników polskich… miał trudności ze znalezieniem pracy i w ciągu kilku lat utrzymywał się jako nauczyciel prywatny.
    
W 1836 r. w zreformowanym po powstaniu listopadowym Instytucie Agronomicznym (potem Instytucie Gospodarstwa Wiejskiego i Leśnictwa) w Marymoncie pod Warszawą mianowano go nauczycielem zoologii, botaniki, mineralogii, fizyki oraz ogrodnictwa. Tu rozwinął swą pasję pedagoga łączącego kształcenie z wychowaniem obywatelskim i patriotycznym. W okresie 22 lat pracy w Instytucie wychował rzesze wielu doskonałych rolników, a popularność jego była ogromna.
    
Zasłynął jako propagator krajoznawstwa organizując wycieczki dla studentów w ciekawe pod względem przyrodniczym i gospodarskim regiony różnych zaborów. Opisując jedną z takich podróży w 1841 r. tak uzasadniał jej cel: …Ujrzyć stare rozwaliny, gmachy, pomniki, przejść najciekawsze zabytki kraju naszego, przypatrzyć się im z bliska, wszędzie badać przyrodę, a szczególniej śledzić u nas jej twory roślinne, pomnażać niemi Florę Polską, najbardziej zaś wskazać ich użytek gospodarski dla ogółu mieszkańców, a wszystko na pożytek publiczny oddać do waszego pisma… Swoimi wykładami i wycieczkami umiał wpoić miłość do rzeczy swojskich w myśl zasady: …ale jakże możecie kochać należycie to, czego żaden z was nie zna.
    
Jednym z efektów tych wypraw była opublikowana 1847 r. popularna broszura pt. Przepowiedzenia pogody i słoty i wiatru i innych zmian powietrza, gdzie Jastrzębowski zebrał to wszystko, co na temat tych zjawisk mówiła praktyka wiejska i podjął próbę naukowego uzasadnienia tych ludowych metod. Rozgłos tego opracowania spowodował, że w 1850 r. autor został przyjęty w poczet członków Krakowskiego Towarzystwa Naukowego. W kolejnych latach także inne Towarzystwa dały wyraz swemu uznaniu dla jego osiągnięć pedagogicznych powołując go na swego członka: Cesarskie Towarzystwo Ekonomiczne w Petersburgu (1852), Towarzystwa Rolniczego we Lwowie (1854), w Krakowie (1856) i Warszawie w 1858 r.
    
Oddany zupełnie zajęciom pedagogicznym, niewiele czasu mógł poświęcić na pracę naukową i śledzenie postępów nauk przyrodniczych. Z czasem skutkuje ten stan rzeczy wyrobieniem u niego niechęci do zajmowania się podstawami teoretycznymi wiedzy i apoteozowaniem działalności praktycznej na polu rolnictwa. Wprawdzie ogłosił w 1841 r., od dawna przygotowaną pracę: Wypadki dostrzeżeń meteorologicznych czynionych w Warszawie blisko przez pół wieku 1779–1828, a dwa lata później Kompas polski, to jednak większość jego licznych prac doby marymonckiej ma głównie znaczenie pedagogiczne.
    
W dwóch wydaniach ukazuje się jego trzyczęściowa Historia naturalna zastosowana do potrzeb życia praktycznego i do rzeczy krajowych. Część pierwsza tego dzieła poświęcona jest ogólnym zasadom wykorzystania rzeczy i ludzi do potrzeb …życia czynnego i pożytecznego, czyli tzw. upożytecznieniu wszystkiego wokół. Część druga z kolei zawiera: Stychologię czyli naukę o początkach wszech rzeczy, zastosowaną do potrzeb życia ludzkiego czynnego, to jest: na spełnianiu czynów ludzkich i ludzkością nacechowanych zasadzającego się, a część trzecia – Mineralogię, również … zastosowaną do potrzeb życia praktycznego i rzeczy krajowych. Książki te dają pewne pojęcie o treści marymonckich wykładów W. Jastrzębowskiego. Jego uczeń Karol Majewski w pracy pt. Historia naturalna ziemiańska, wydanej według notatek profesora w 1876 r. przekazał wiadomości z jego wykładów poświęconych ogrodnictwu.
    
Wiedza zawarta w tych wykładach stała na bardzo wysokim poziomie, jeśli chodzi o wiadomości fizjograficzne dotyczące występowania na terenie Polski różnych gatunków roślin i minerałów natomiast wiadomości ogólne, leżące u podstaw uprawianych przez Jastrzębowskiego dziedzin nauk przyrodniczych, może poza botaniką, nie stały na wysokości współczesnej mu nauki. Rozwinięty przez niego podział rzeczy martwych tzw. używadeł, na: zaczątki, głazy, porządki i wizerunki, lub ze względu na ich naturę na: …żywce, bodźce, ziemce i kruszce, przyrody ożywionej, czyli żywiąt zaś na: …rośliny, żyjątka, zwierzęta i ludzi, był czymś anachronicznym i wręcz dziwacznym zważywszy na stan ówczesnej wiedzy. Ta domorosła filozofia natury znalazła swój wyraz zarówno w wykładach jak i w specjalnych traktatach, np. Układ świata zastosowany do potrzeb powszechnych (1847), O siłach żywotnych w ogólności (1855), O potrzebie zastosowania zasady ekonomicznej podziału pracy do prac naukowych oraz o potrzebie wskazania jednej najwłaściwszej drogi, którą mają postępować ci, co się tymże pracom oddają (1855), Rys ergonomii, czyli nauki o pracy, opartej na prawdach poczerpniętych z Nauki Przyrody(1857).
    
W tej ostatniej rozprawie jako pierwszy użył i zdefiniował pojęcie ergonomii jako Nauki o Pracy, czyli używaniu nadanych człowiekowi od Stwórcy sił i zdolności. Wskazywał w niej, że praca – oprócz wynagrodzenia ma dawać wiele radości i satysfakcji, ma być pożyteczna dla społeczeństwa, ma … ulepszać, doskonalić ludzi, sposobiąc ich do służenia sprawie powszechnego dobra. W hierarchii prac – praca nauczyciela, czyli wychowawcy, winna znajdować najwyższe uznanie, gdyż czyni człowieka lepszym. We wszystkich tych pracach daje się odczuć wiara ich autora w ewolucję świata w kierunku doskonalenia się, gdyż wszystkie twory według niego mają w sobie tę potencjalną zdolność określaną przez autora jako doskonalność. Zadaniem zaś człowieka w działalności praktycznej jest udoskonalanie zarówno tworów nieożywionych jak i żywych.
    
W 1858 r. musiał opuścić Instytut na Marymoncie z powodu nieporozumień odnośnie metod nauczania z powołanym cztery lata wcześniej na funkcję dyrektora Instytutu Sewerynem Zdzitowieckim. Przez krótki czas zajmował stanowisko inspektora szkoły powiatowej w Warszawie przy ul. Rymarskiej, poczym w 1860 r. dzięki interwencji jednego z uczniów, otrzymał nominację na komisarza leśnego w Łomżyńskiem dla zalesiania piasków wokół Czerwonego Boru.
    
Osiadł w Feliksówce koło Broku nad Bugiem gdzie w ciągu dziesięciu lat zasadził i wyhodował około miliona sztuk drzew oraz wykształcił liczne zastępy młodzieży skierowanej tam na praktykę leśną. W latach sześćdziesiątych XIX wieku Feliksówka przekształciła się w Zakład Praktyki Leśnej, pierwszą na naszych ziemiach instytucję doskonalenia zawodowego dla leśników. Pomimo ciężkich przeżyć w czasie powstania, 1863 r. gdy Feliksówka spłonęła wraz z cennymi zbiorami i rękopisami Jastrzębowski wytrwał na tej placówce do 1874 r.
    
Pracę swoją przy zalesianiu nieużytków i nauczaniu leśnictwa traktował jako swego rodzaju apostolstwo, czemu dał wyraz w tytule projektu wiejskiej szkoły rolniczej Obraz kultury powszechnej przedstawiający wszystkie rodzaje życia życiodawczego w ogólności, a w szczególności ziemiańskiego, powzięty z życia dawnych Słowian i objawiony jako myśl siedziby i uczelni wiejskiej na wzór jednego rozwijającego się obecnie Zakładu Kultury ogólnej na ziemi słowiańskiej, który ukazał się drukiem w postaci broszury w 1867 r.
    
Jego staraniem powstał internat dla praktykantów i specjalistyczna biblioteka oraz arboretum: Zadaniem tej placówki było wykształcenie leśników, zdolnych nie tylko do prowadzenia gospodarstwa leśnego, lecz i do systematycznego urządzania lasów, dotąd w zaniedbaniu będących. Adepci Zakładu zdobywali tam wiedzę z zakresu praktyki leśnej, nauk przyrodniczych, ogrodnictwa, pszczelarstwa, jedwabnictwa i … innych dziedzin kultury. Jednocześnie Jastrzębowski publikował liczne artykuły w Zorzy przepełnione wskazówkami moralizatorskimi i zabarwionymi mistycyzmem połączonym z przekonaniem o własnym posłannictwie.
    
W książce pt. Cudowna potęga rydla i pługa, płużycy i sochy skierowana do pręta, morgi i włóki ziemi, wydanej w 1868 r. zachęca do hodowli drzew i daje wyczerpujące wskazówki praktyczne dotyczące zakładania szkółek drzew leśnych. Z kolei broszura z 1870 r. zatytułowana Zagroda ochronna dla ludzi i pielęgnowanych przez nich istot przedstawiająca z siebie sposób zmniejszania wielkich mrozów, upałów, zapobiegania cholerze i innym zarazom, oraz przedłużania i ulepszania życia ludzkiego, dała wyraz wierze autora w cudowne wartości zdrowotne jego projektu idealnej zagrody wiejskiej.
    
Przez wszystkie lata spędzone w Feliksówce Jastrzębowski pielęgnował i propagował swój ideał życia ziemiańskiego i pracy na roli jako zajęcia stojącego w hierarchii ponad wszystkie inne. Prawdę tę głosił już w czasach marymonckich np. w książce pt. Układ świata zastosowany do potrzeb powszechnych, wydanej w 1847 r. W bardziej popularnym wydaniu tezę te zawarł w broszurze drukowanej na łamach Zorzy w 1868 r., pt. Druga odpowiedź na uczynione u nas przed ćwiercią wieku, a nierozwiązane dotąd pytanie: która nauka najpotrzebniejsza jest dla człowieka i najwielostronniej go ubogacająca.
    
W 1874 r. opuścił leśnictwo Brok odchodząc na emeryturę i powrócił do Warszawy gdzie przez pięć lat prowadził wydzierżawiony ogród, w którym założył plantację drzew … ginących, mało hodowanych w kraju. Ostatnie trzy lata życia spędził Jastrzębowski pod opieką rodziny w Warszawie. Jednocześnie na zlecenie Kolei Warszawsko–Wiedeńskiej opracował plany obsadzania jej stacji i przystanków żywopłotami połączony z programem resocjalizacji kryminalistów poprzez zatrudnienie przy wykonywaniu tych prac. Angażował się w zakładanie osad rolnych dla nieletnich kryminalistów, w czym wspierali go miedzy innymi Bolesław Prus i Eliza Orzeszkowa.
    
Zmarł 30 grudnia 1882 r. w Warszawie i został pochowany na Powązkach. Wychowankowie ufundowali mu tablicę pamiątkową dłuta Pruszyńskiego w kościele Św. Krzyża w Warszawie. We wrześniu 2004 r. w ramach obchodów 80–lecia powstania Lasów Państwowych, w miejscowości Brok koło Ostrowi Mazowieckiej odsłonięto obelisk poświęcony jego pamięci.
    
Z małżeństwa z Anielą d’Cherów W. B. Jastrzębowski miał siedmioro dzieci: dwóch synów: Ludmiła i Władysława oraz pięć córek.